Kurfürst Johann Wilhelm heiratete am 25. Oktober 1678 in Wiener Neustadt die Erzherzogin von Österreich, Maria Anna Josepha von Habsburg (30.12.1654–14.4.1689), Tochter des römisch-deutschen Kaisers Ferdinand III. und seiner Gattin Prinzessin Eleonora Magdalena Gonzaga von Mantua-Nevers. Aus der Ehe gingen zwei Söhne hervor, die jedoch beide bereits am Tag der Geburt verstarben:

namenloser Sohn (*/† 6. Februar 1683 in Düsseldorf)
namenloser Sohn (*/† 5. Februar 1686 in Wien)

Johann Wilhelm suchte mit dieser Heirat das Bündnis mit Habsburg u. a. in der Hoffnung, Statthalter der Spanischen Niederlande werden zu können.

Bild: Maria Anna Josepha von Österreich, unbekannter Künstler, Stadtmuseum Düsseldorf